Das liegt daran, dass es sich dabei nicht eigentlich um Linien handelt, sondern um freie Flächen, wo der Hintergrund durchscheint.

Die einfachste Variante (wenn auch vermutlich nicht im Sinne des erfinders :) ) ist, im layout die farben für die "flächen" und die "linien" auf den gleichen wert zu setzen. Anschließend im stylesheet aus der Klasse

#wrapper {
background: <% layout.linecolor %>;
text-align: left;
height: 100%;
}

die Zeile löschen:

background: <% layout.linecolor %>;

Damit sind die dicken "Linien", die keine sind, fürs erste weg.

Dann eine 1px-border hinzukriegen, ist allerdings nicht so ganz einfach - zwar könnte man

#pagebody und
#header
#sidebar01

um die entsprechenden Angaben ergänzen, allerdings bringt das die Breiten aus dem Takt. Da hilft dann nur noch intensives Studium einschlägiger Quellen.