Man kann die JS-Files doch als Dateien hochladen und dann per http://static.twoday.net/[username]/[files]/[dateiname] einbinden - hab ich bei mir auch so gemacht - zwar nicht mit der Lightbox-Gallery, aber prinzipiell sehe ich da kein Problem.

...oder verkenne ich Ihren Einwand komplett? ;-)

Njein, ich hab mich wohl ein bisschen verkürzt ausgedrückt. Wenn man sich das Script durchliest, sieht man, dass es eine bestimmte Verzeichnisstruktur voraussetzt, die hier eben nicht geschaffen werden kann.

Ein paar kleine Anpassungen sind nötig, aber dann funktioniert es einwandfrei.
Ich habe dafür mal ein kleines Tutorial geschrieben: Lightbox im twoday-Blog.