In der Verwaltung für das Layout, Reiter "Skins (HTML)".
Dann "Stylesheet (Site.style)" anklicken, um in die Bearbeitung des Stylesheets reinzukommen.

Dort nach dieser Zeile suchen:

.reply { padding-left: 30px; }

Die Zahl gibt an, wie weit eingerückt wird.
Zumindest bei meinem Layout, was allerdings noch das alte twoday-Layout ist, funktioniert das wunderprächtig. Bei den neuen weiß ich es nicht.

edit: Suchtipp: eine Story mit Kommentaren ins Browserfenster holen, Quelltext angucken, Stelle suchen, wo ein Kommentar anfängt, gucken was da für eine class steht (z.B. "div.reply") und dann danach in den Stylesheets suchen lassen.