Indem du die Rubrik komplett leer machst, also alle Beiträge anderen Themen zuordnen.

Die von Skycaptain vorgeschlagene Variante ist eine Möglichkeit, um ein Thema komplett loszuwerden - das geht mittlerweile auch einfacher: Auf der Seite http://[weblogname].twoday.net/topics "umbenennen" - Themenbezeichnung aus dem Feld komplett löschen - speichern.

Die Frage könnte aber auch so gemeint sein, dass die Themen nur nicht im Menü erscheinen sollen - dazu muss aus der Skin des Moduls "Site Menu" das folgende Macro entfernt werden:

<% topiclist prefix="<ul>" itemprefix="<li>+ " itemsuffix="</li>" suffix="</ul>" %>