In diesem layout ist nur eine allgemeine Farbe für Links definiert, nämlich

a { color: <% layout.linkcolor %> }
text-decoration: none;
}

damit sich die Farbe unter dem Mauszeiger ändert, müsstest du im Stylesheet eine Definition für hover hinzufügen:

a:hover { <% layout.alinkcolor %>; }

"linkcolor" und "alinkcolor" liefern dabei die in den Layout-Einstellungen definierten Farben.