Dazu müsstest du unter "Module" - "Site Menü" - "Skins" folgende Zeilen entfernen:

<a href=<% site.href %>><% site.title %></a>
<a href="<% root.url %>"><% root.title %></a>

Empfehlenswert ist das aber nicht, weil die twoday-nutzer diesen Aufbau seit jeher gewohnt sind. könnte verwirren.