Siehe diesen ausführlichen Beitrag.

Oder, kurz gesagt: Ein Antville Layout nicht als "vollständiges", sondern auf Basis eines twoday-Layouts zu importieren, behebt einen Teil der Unterschiede. Dann noch die einzelnen Menüs durch

<% site.sidebar01 %>
<% site.sidebar02 %>

ersetzen und eventuell die Menü-Skins in den Modulen "resetten". So funktioniert das meiste, aber leider auch nicht alles.