Also die leeren Stellen gehören ganz sicher nicht zu den Navigationsleisten, die sind da halt weil das Layout sich der Bildschirmgröße anpasst, der Header aber eine feste Größe hat.

Ich glaube nicht, dass es optisch besser aussieht, wenn die Leisten ganz oben beginnen, müsste aber möglich sein, wenn man die ganze Sektion Header unter die Sektion content verschiebt (Layout Hauptseite). Hat dann natürlich auch den Nachteil, dass sich das Layout bei geringerer Bildschirmauflösung teilweise übereinander schiebt.